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中国药科大学建立了冠状病毒资源数据库平台。。

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在流行病面前,科学研究是不受限制的。为了尽快战胜新型冠状病毒,国内外各领域的专家学者争分夺秒地学习冠状病毒的相关专业知识,为抗击疫情做出贡献。但不可否认的是,目前关于冠状病毒杂项页面信息的web平台可能会降低研究人员寻找新的冠状病毒专业信息和相关研究文献的效率。3月26日,中国药科大学基础医学与临床药学学院2018级药理学博士生孙庆荣带领团队“CPU病毒群”成功开发出冠状病毒资源库(简称CRB)。这是专为冠状病毒研究人员开发的资源数据库平台。

网站首页介绍,该数据库平台综合集成了国内外所有相关文献、病毒相关数据和病毒研究相关分析工具,使学者能够方便快捷地找到冠状病毒(包括新型冠状病毒)的相关研究文献,准确把握和深入了解冠状病毒的起源和研究历史、研究过程、研究热点等,促进各领域研究人员对冠状病毒进行全方位、多角度的深入研究和探讨,促进药学、化学等学科的交叉融合,生物学等学科,并帮助国内外研究人员尽快突破新型冠状病毒,从而造福人类健康。据了解,尽管CRB的建立和完善只有32天,但整合在CRB中的文献资源数量不可低估。

截至3月22日,数据库共收集英文研究文献9556份,中文研究文献3052份,英文数据资源平台25个,中文数据资源平台6个,病毒学相关主要分析工具18个。大量的冠状病毒数据信息不仅全面详细,而且不会带来分类问题。为了不让国内外的研究人员在庞大的数据库中感到头晕目眩,孙庆荣的研究团队专门用中英文展示了数据库页面,页面清晰地分为“国内冠状病毒研究”和“国际冠状病毒研究”两部分。在这两个板块下,有多个子栏目,分别涵盖所有相关研究报告和综述论文、所有冠状病毒数据资源系统(平台)、与病毒学相关的分析工具、与冠状病毒相关的专利信息,等等,值得一提的是,数据库中的研究报告和综述论文都是以时间轴为核心进行编排和发布的。

它们最早可追溯到1965年至2020年,时间跨度为55年。因此,研究人员可以根据时间序列查阅相关文献资料,快速了解冠状病毒每年的研究现状和过程,从而追根溯源,深入探索。资源数据库的建立不是一个盲目的数据集成过程。开发人员需要过滤数据,冠状病毒资源数据库(CRB)也不例外。据了解,面对上世纪60年代至今大量的文献研究资料,孙庆荣的团队并不是简单地进行全面的搜集和整合,而是针对特定的目标,排除一些关键性、战略性的文章,只保留学术研究、学术评论、案例分析、数据平台、分析工具等以及其他相关内容,以便更好地集中和有效地利用学术资源,它不仅覆盖准确,而且全面、科学,真正为冠状病毒的研究工作服务。

为什么要开发和创建冠状病毒资源数据库(CRB)?在谈到数据库开发的初衷时,孙庆荣坦言,这种开发灵感主要来自导师。据了解,孙庆荣是中国药科大学药理学专业的博士生。德国科学院院士、中国药科大学校长。孙庆荣被派往浙江大学基础医学院生理病理中心,研究大肠癌转移的基因突变。他的主要研究方向是肿瘤生物信息学的大数据。由于跨学科的研究,孙庆荣发现,他早期对病毒的研究和分析策略,还不如对肿瘤的研究熟练。因此,在导师莱茂德的鼓励下,他提出了开发和创建一个完整的冠状病毒资源和相关研究数据库的想法,以方便病毒学专业以外的研究人员从事相关研究。

因此,在国内疫情严重、隔离的情况下,孙庆荣和来自中国药科大学药学、临床药学、中药学、生物制药等专业的11名志同道合的本科生迅速组建了“CPU病毒群”团队。他们查阅文献,整理资料,共同建设网站,并着手建设冠状病毒资源数据库。。。孙庆荣说,建立冠状病毒资源数据库(CRB)不是一个容易的过程。在数据库服务器的基础环境建设、数据集成、信息显示等环节都出现了种种困难。”数据库服务器的基础环境建设需要相关专业人员来实现,数据的集成需要人工检索和筛选,工作量巨大。

图书馆资源也存在一些问题,也需要专业人员的帮助。此外,在流行病期间,他们需要在家工作。由于团队成员家庭网络的不同,最佳网络时间也不同,协调统一起来会有点困难。”面对重重障碍,孙庆荣没有退缩。他通过对数据部门的合理规划,有效地领导了数据收集和集成团队。对于国内资源,由于数量相对较少,采用人工检索为主,对中国知网和万方数据库逐一进行查询;对于国外资源,采用API和人工检索相结合的方式,实现数据集成和入库。

为了让人们更方便地看到信息,他们分析了其他数据平台的数据传输接口,以便为平台建立到原始数据库的快速通道。团队的许多小伙伴克服了各种实际困难,实现了异地协调统一,高效完成了日常任务。此外,孙庆荣还特别感谢导师赖茂德和学校图书信息中心的老师们的精心指导和大力支持。”没有老师的帮助,我们无法完成团队建设、基础环境建设和数据库测试。”(中国药科大学蒋家同蒋晨贾梦洁编者)总编辑:叶壮。。

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